Il periodo svevo a Palermo comincia con l’incoronazione di Enrico VI di Hohenstaufen. Alla sua morte ci fu un decennio di confusione politica perché l’erede al trono, il figlio Federico, aveva solo 3 anni e non poté salire al trono fino al 1208; da quel momento cominciò l’epoca dell’ultimo grande imperatore del medioevo. Federico II nacque a Iesi, nelle Marche, durante un viaggio della madre Costanza che stava raggiungendo il marito in Sicilia. Nell’arco di un anno Federico rimase orfano d’entrambi i genitori e fu affidato per via testamentaria al pontefice Innocenzo III; il papa accettò con gioia l’incarico perché sperava che il futuro re si ricordasse di lui e non avrebbe messo il bastone tra le ruote al potere che la chiesa aveva raggiunto in quel periodo ma, visto come andranno poi le cose, non riuscì nel suo intento. L’infanzia del piccolo Federico non fu proprio da principe: egli passava tutto il suo tempo per le strade di Palermo, una città cosmopolita dove esistevano diversi popoli e culture (greci, siciliani, normanni, saraceni ed ebrei), interagendo con loro, condividendo le loro gioie e dolori e venendo a conoscenza dei loro problemi. Questa fanciullezza da strada influenzerà molto il carattere del futuro re del regno di Sicilia e imperatore del sacro romano impero. Nel 1208 fu proclamato re e un anno dopo si sposò con Costanza d’Aragona. Nonostante le sue continuate assenze a cause di spedizioni militari e crociate, Palermo per 40 anni fu una vera e propria metropoli  nella bocca di tutta Europa, la sua corte era invidiata da tutti, ricca di letterati, giuristi, scienziati, poeti; in questa corte nacque la scuola poetica siciliana, movimento letterario che per la prima volta usava a scopo letterario un dialetto volgare, il siciliano, anche se un po’ ripulito; i maggiori esponenti del movimento furono Pier delle Vigne, Rinaldo d’Aquino, Giacomo da Lentini e lo stesso Federico.

Durante il periodo svevo la citta’ non si arricchisce d’opere edilizie; l’unica struttura di rilievo è la chiesa di S. Francesco che però, su ordine di Federico II, fu distrutta nel 1240 per ripicca alla scomunica papale. Dal punto di vista legislativo ci furono molte riforme: nel 1231 il re fece compilare da Pier delle Vigne le “costituzioni di Melfi” e Palermo fu la città dove meglio si attuarono, creando uno stato solido e funzionale anche quando in sua assenza veniva governato dai suoi funzionari. Si potrebbe dire molto delle azioni di Federico lontano da Palermo, ma non riguardano le tematiche di questo sito; in breve, il suo scopo fu quello di creare un unico impero che partisse dalla Germania fino in Sicilia ma, per ottenere questo, si dovette scontrare contro i comuni lombardi che volevano restare indipendenti e il papato, che non voleva essere circondato da un impero che non poteva controllare. Sulla sua morte, avvenuta nel 1250, vi è ancora oggi del mistero: una teoria dice che fu vittima di una congiura del papa e fu avvelenato, un’altra dice che fu il figlio Manfredi , avuto dalll’amante Bianca Lancia, ad ucciderlo soffocandolo con un cuscino. In ogni caso il regno passò al figlio legittimo Corrado IV, ma questi morì giovanissimo nel 1254, altra morte misteriosa (fratricidio?) e il trono passò al figlio Corradino. Lo sbandamento provocato dalla morte dei due re e la preoccupante avversione della santa sede ai discendenti Svevi sfociò a Palermo in una rivoluzione conclusasi nel 1255 con la proclamazione di comune libero. Situazione che durò solo un anno quando intervenne Manfredi, vicario di Corradino, che ristabilì la situazione e, fingendo la morte del fratellastro, fu incoronato re nel 1258. Manfredi, figlio prediletto di Federico II perché molto simile a lui durante il suo regno, riportò Palermo ad essere una delle capitali più rinomate d’Europa. Il nuovo re ereditò dal padre tutti i pregi ma anche l’antipatia del papato. Fu quest’antipatia a condannarlo, il nuovo papa Clemente IV lanciò contro Manfredi una crociata per aiutare Carlo I D’Angiò a conquistare il regno di Sicilia, lo scontro finale ebbe luogo a Benevento con la morte di Manfredi in battaglia come un vero re che non scappa, cosi la strada verso la Sicilia e la sua capitale Palermo fu spianata e cominciò la dominazione angioina.